二手基因測(cè)序儀 是測(cè)序產(chǎn)業(yè)鏈的起點(diǎn)也是關(guān)鍵環(huán)節(jié),它為整個(gè)中下游測(cè)序服務(wù)提供基本的測(cè)序支撐,同時(shí)也處于基因測(cè)序產(chǎn)業(yè)價(jià)值鏈頂端。基因測(cè)序儀對(duì)于基因產(chǎn)業(yè)的重要性,如同發(fā)動(dòng)機(jī)之于汽車(chē)行業(yè),芯片之于電子通信行業(yè)。
基因測(cè)序也稱(chēng)DNA測(cè)序,是現(xiàn)代生物學(xué)研究中重要的手段之一?;驕y(cè)序技術(shù)經(jīng)過(guò)了三個(gè)發(fā)展階段。
一代測(cè)序:指雙脫氧末端終止法,擴(kuò)增后通過(guò)毛細(xì)管電泳讀取序列,每次獲取數(shù)據(jù)量少。
二代測(cè)序:為高通量測(cè)序,采用微珠或高密度芯片邊合成邊測(cè)序,代表有454,Solexa,SOLID,高通量,可一次獲得數(shù)G數(shù)據(jù),相對(duì)與第三代,都仍然需要擴(kuò)增的方法放大信號(hào),擴(kuò)增后再檢測(cè)。
三代測(cè)序:特點(diǎn)是單分子測(cè)序,多基于納米科技,無(wú)需擴(kuò)增,對(duì)單分鏈DNA/RNA直接用合成、降解、通過(guò)納米孔等方源式直接測(cè)序,核心特點(diǎn)是無(wú)需擴(kuò)增所以成本更低。
Roche公司的454測(cè)序平臺(tái)、Illumina公司的Solexa測(cè)序系統(tǒng)以及ABI公司的SOLID測(cè)序系統(tǒng)標(biāo)志著二代測(cè)序技術(shù)誕生。盡管各系統(tǒng)在高通量水平、測(cè)序準(zhǔn)確度、存儲(chǔ)格式、技術(shù)方法上各有差異,但共同特征是大大降低了測(cè)序成本并大大地提高了測(cè)序速度,完成一個(gè)人的基因組測(cè)序只需一周左右時(shí)間。然而二代測(cè)序技術(shù)在測(cè)序前要通過(guò)PCR段對(duì)待測(cè)片段進(jìn)行擴(kuò)增,增加了測(cè)序的錯(cuò)誤率。而且二代測(cè)序產(chǎn)生的測(cè)序結(jié)果長(zhǎng)度較短,需要對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行人工拼接,因此比較適合于對(duì)已知序列的基因組進(jìn)行重新測(cè)序,而在對(duì)全新的基因組進(jìn)行測(cè)序時(shí)還需要結(jié)合一代測(cè)序技術(shù)。
簡(jiǎn)而言之: Roche 454是焦磷酸測(cè)序; illumina Solexa是合成法測(cè)序; ABI SOLID是連接法測(cè)序。
就讀長(zhǎng)來(lái)看: Roche 454 > illumina Solexa > ABI SOLID。
就Reads數(shù)來(lái)看: ABI SOLID > illumina Solexa > Roche 454。
就應(yīng)用來(lái)看: Roche 454讀長(zhǎng)較長(zhǎng),便于拼接 ,因此在denovo測(cè)序方面有很大優(yōu)勢(shì);ABI SOLID雖然讀長(zhǎng)很短,但是Reads數(shù)多,而且ABI的色球編碼技術(shù),使得每個(gè)堿基都會(huì)被讀取兩遍,準(zhǔn)確率很腐, 因此ABI SOL心在檢測(cè)SNP、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、ChIP-Seq等方面很有優(yōu)勢(shì);illumina Solexa的讀長(zhǎng)和Reads數(shù)均位于中間,比較適合于基因組重測(cè)序。而在實(shí)際應(yīng)用中 ,由千Roche 454成本太商,因此illumina Solexa 也被較多的應(yīng)用于denovo測(cè)序。
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